El 3 de octubre de 1542, Fray Juan de San Miguel fundó la Villa de San Miguel el Grande, un punto de paso importante del Antiguo Camino Real, parte de la ruta de plata que se conectaba con Zacatecas y que más adelante cambiara su nombre a San Miguel de Allende.
En aquel entonces era un pueblo que sufría por el abasto de agua, por lo que se le abastecía de un manantial cercano llamado Izquinapan que traducido al castellano significa “Río de perros”, y el cual es hoy conocido como “Manantiales del Chorro”.
Quienes habitaban estas tierras eran pueblos básicamente nómadas recolectores con una organización social y política de tipo tribal. Se trata de de los guamares, que compartían su territorio con los indios guaxabanes y copuces, también miembros de la extensa familia chichimeca.
Los guamares, al igual que otros pobladores del norte de Mesoamérica, fueron conocidos por los pueblos sedentarios del sur, especialmente por los aztecas, como: “teules chichimicas” cuyo significado es “linaje de perro”.
Según la crónica franciscana de Fray Alonso de la Rea escrita en 1639, se infiere que el sitio original del asentamiento estaba a un cuarto de legua (1.5 kilómetros) hacia el poniente del centro histórico actual. Así mismo se afirma que don Fernando de Tapia declaró en 1571, que además de ser el primer poblador y fundador con su gente, naturales de San Miguel, creó con sus amigos y pobladores el primer monasterio que hubo en ella.
Fue hasta finales del siglo XVI cuando se logró la esperada paz en la zona, menos por la fuerza militar que por los esfuerzos de los misioneros, la penetración cultural de los indios pacificados provenientes de otras zonas y las negociaciones llevadas por los españoles.
Para el 8 de marzo de 1826 el Congreso del Estado la convirtió en ciudad y le modificó el nombre que en lo sucesivo sería el de San Miguel de Allende, en honor al célebre insurgente que naciera en ella en 1779.
En el siglo XVIII y primera década del siglo XIX, San Miguel era un centro mercantil, industrial y agrícola de mucha importancia, actividades que se incrementaron con los fundos mineros de Guanajuato, San Luis Potosí y Zacatecas.
San Miguel de Allende es famoso por su clima templado, arquitectura colonial, y la gran población expatriada. De ellos la mayoría son Estadounidenses, con un buen porcentaje de Canadienses, y unos pocos Europeos y de otras nacionalidades.
